以下是申請醫療器械二類經營備案證的具體步驟：

1. 準備材料：申請人在市食品藥品監督管理局網站上辦事服務中網上辦事大廳填報申請事項內容。

2. 填寫申請表：進入國家藥品監督管理局官網，填寫醫療器械備案申請表并上傳以上所述的相關材料。

3. 審核：國家藥品監督管理局會對您提交的所有材料進行審核，如果審核通過，就會發放醫療器械二類備案證書。

4. 領證和備案：領到二類備案證書后，公司需要進行庫存變更和上報工作，還需要將備案證書上傳至京醫通網站，進行線上認證。

申請醫療器械二類經營備案證的具體流程會因為地區規定的變化而變化，以上信息僅供參考，具體申請流程以當地管理部門的規定為準。