非全日制檔案收到后，應該及時辦理存檔。若發現檔案未密封，需要向學校尋求將檔案密封，才可以辦理存檔。未密封的檔案將不被任何單位接收，拿在自己手中就是一份死檔。密封完整的非全日制檔案，需轉交至檔案存放單位或檔案管理部門。

一般來說，檔案會存放在具有檔案管理權限的工作單位或者人才中心這類存檔部門。

對于在大型國企或事業單位工作的在編人員，非全日制檔案可存放于單位內，并與個人的人事檔案合并，可以和單位的檔案管理人員聯系進行處理。

對于在私企工作或無工作的個人，前置學歷檔案，比如大專檔案、中專檔案，通常在人才中心存放，非全日制檔案也可以存放到人才中心。個人可主動聯系人才中心以確認存檔事宜，了解清楚具體的要求和規定，辦理檔案合并。

非全日制檔案存檔時需要與個人的統招學歷檔案合并，而不能獨立存檔。若個人的統招學歷檔案已存放于人才中心，可以聯系工作人員辦理檔案合并手續。

若個人手中持有所有學歷檔案，且并沒有前置學歷檔案在人才市場存放，人才市場將拒絕辦理檔案合并存檔手續。需要聯系學校或者單位對檔案進行審核再進行公對公存放。

非全日制檔案只有與之前的人事檔案或學籍檔案合并成一份完整的人事檔案后，非全日制檔案才能正常使用，發揮作用。