北京排水許可證疑難問題可能包括但不限于以下幾點：

排水管道混接：指污水管道和雨水管道在沒有進入市政井前出現匯聚的情況，導致雨水和污水混在一起，共同排入到一個市政井中。這種現象被稱為雨污混流，是不符合國家排水要求的，會造成優質水的浪費及污染。

缺乏必要的排水設備：有些單位或小區可能沒有配備必要的排水設備，如污水井、雨水井等，導致排水許可證辦理過程中審核無法通過。

排水水質不達標：由于各種原因，如設備老化、管道腐蝕等原因，可能導致排水水質不達標，無法滿足國家或地方規定的排放標準。

缺乏合理的排水規劃：在一些地區，可能缺乏合理的排水規劃，導致排水管道布置不合理，排水不暢，影響排水許可證的辦理。

涉及特殊行業或特定領域：某些行業或領域可能存在特殊的排水要求和規定，如醫院、污水處理廠、垃圾填埋場等，這些領域的排水許可證辦理可能需要額外的材料和審批程序。

其他疑難問題：如缺乏相關手續、資料不齊全、現場條件不符合要求等等，也可能導致排水許可證辦理過程中出現疑難問題。

以上只是可能出現的一些問題，具體情況可能因地區、行業、具體情況等因素而有所不同。如果您在辦理排水許可證過程中遇到任何問題，建議及時咨詢相關部門或人士的意見。