指排污單位向環(huán)境保護行政主管部門提出申請后,環(huán)境保護行政主管部門經審查發(fā)放的允許排污單位排放一定數(shù)量污染物的憑證。排污許可證屬于環(huán)境保護許可證中的重要組成部分，被廣泛使用。排污許可證制度,是指有關排污許可證的申請、審核、頒發(fā)、中止、吊銷、監(jiān)督管理和罰則等方面規(guī)定的總稱。
1、依據不同：城市排水許可證依據《城市排水許可管理辦法》；排污許可證依據《排污許可證管理暫行規(guī)定》，北京這邊是依據《北京市排污許可證管理辦法》
2、發(fā)放范圍不同：城市排水許可證發(fā)放對象是向城市排水光武及其附屬排放污水的排水戶；排污許可證原則上包括所有向環(huán)境直接排放或間接排放污水和廢氣污染物的點源排污單位。
3、排放要求不同：僅對于城市納管排水戶來說，城市排水許可證對其水量、入網水質做了規(guī)定；排污許可證還增加了污染物總量控制的要求。
4、發(fā)證單位不同：城市排水許可證由城建部門負責發(fā)放；排污許可證由環(huán) 保 部 門 負責發(fā)放，
他們之間的聯(lián)系是：
1、城市納管排水戶應申領排污許可證和排水許可證。
2、城市納管排水戶排放污水必須滿足排污許可證和排水許可證的要求，即兩種許可證中嚴格的規(guī)定。